V nedávném rozsudku 5 Afs 281/2021-34 se Nejvyšší správní soud zabýval otázkou, zda může správce daně udělit pokutu při podání kontrolního hlášení, které zjevně souvisí s jiným zdaňovacím obdobím. Společnost v posuzovaném případě omylem podala kontrolní hlášení za leden roku 2019 namísto kontrolního hlášení za srpen téhož roku. Správce daně následně uložil pokutu ve výši 50 000 Kč, neboť společnost ani v náhradní lhůtě nepodala kontrolní hlášení za srpen roku 2019.

Soud došel jednoznačně k závěru, že pokuta nebyla v daném případě udělena oprávněně a bylo na správci daně, aby stěžovatelku vyzval k odstranění vady podání, a to buď výzvou k zaslání správného kontrolního hlášení za srpen roku 2019, či vyjasněním, že se nemělo jednat o řádné, ale o následné kontrolní hlášení za leden roku 2019.

Hlavním smyslem pokuty je podle soudu odradit plátce od neplnění povinnosti podat kontrolní hlášení a tím správci daně znemožnit rychlou reakci na možné řetězové podvody na dani z přidané hodnoty. Účelem sankce naopak není trestat plátce za jiná pochybení, k nimž dojde při podání řádného kontrolního hlášení.