Kontroly ze strany inspektorátu práce nejsou výjimečné a zaměstnavatelé by na ně měli být připraveni nejenom z hlediska splnění svých zákonných povinností, ale i z hlediska vědomosti o svých právech a povinnostech kontrolujícího orgánu v průběhu samotné kontroly.

Předně je k provedení kontroly v oblasti zaměstnanosti příslušný pouze inspektorát práce a v oblasti nelegálního zaměstnávání též celní úřad. Společně s nimi se může kontroly účastnit i jiný orgán, jako např. ČOI nebo Policie ČR, přičemž každý orgán se musí prokázat pověřením ke kontrole. Přítomnost jakékoliv další osoby při kontrole musí být navíc odůvodněna, a i tato osoba musí předložit pověření ke kontrole.

Kontrolní orgán musí o kontrole informovat vedení firmy a umožnit mu účastnit se kontroly. Nelze tak provádět kontrolu mezi zaměstnanci bez jeho vědomí. Do té doby je možné kontrolnímu orgánu dokonce odepřít vstup do závodu.

Zároveň je při kontrole v provozu firmy povinen kontrolní orgán dodržovat veškeré zásady bezpečnosti na daném pracovišti včetně případného nošení ochranných pomůcek. Dále kontrolní orgán může pořizovat záznamy či požadovat vysvětlení od zaměstnanců pouze v tom rozsahu, v jakém souvisí tyto skutečnosti se samotnou kontrolou a není oprávněn cokoliv z kontroly bez souhlasu kontrolovaného zveřejňovat.

Výstupem kontroly je pak protokol o kontrole, který se následně kontrolované osobě zasílá, přičemž ta má možnost proti němu podat písemně námitky, nesouhlasí-li s postupem kontrolního orgánu či s obsahem samotného protokolu.

Byť lze doporučit kontrolovaným osobám poskytovat kontrolním