Soudy v mnoha jimi posuzovaných případech zkoumají, kdo a v jakém rozsahu je povinen nést v daňovém řízení důkazní břemeno, neboli prokazovat správnost či pravdivost svých tvrzení. Dokazování je totiž základním kamenem jakéhokoli správního i soudního procesu. V daňovém řízení jsou pravidla dokazování upravena v § 31 daňového řádu (zákon č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků). Podnětným příspěvkem k interpretaci tohoto ustanovení je nedávný nález Ústavního soudu České republiky sp. zn. IV. ÚS 1456/07 ze dne 6. 3. 2008, ve kterém se vymezují mantinely toho, kde končí důkazní břemeno daňového subjektu. Ústavní soud uvádí: „V daňovém řízení se vztahuje důkazní břemeno pouze k prokázání skutečností tvrzených (uvedených) daňovým subjektem v daňovém přiznání, resp. skutečností, jež je daňový subjekt povinen uvést v daňovém přiznání, tedy skutečností upínajících se výlučně k daňové povinnosti subjektu. Daňová povinnost má pak jak rozměr druhový... tak rozměr časový... Rozšíření důkazního břemene mimo tento rámec je nepřípustným vybočením (excesem) správce daně...“
Ústavní soud tím správcům daně sděluje, že důkazní břemeno ležící na daňovém subjektu není bezbřehé. Správce daně nemá právo po daňovém subjektu požadovat, aby dokazoval správnost údajů, které nejsou součástí daňového přiznání nebo které se vztahují k dani, u níž již uplynuly lhůty pro její vyměření. V praxi se často setkáváme s tím, že se správce daně při daňových kontrolách pohybuje daleko za takto vymezenou hranicí. Obranou proti tomu je nezákonnost postupu správce daně řádně namítnout ještě před ukončením kontroly. Po jejím skončení a dodatečném vyměření daně lze zpravidla takovéto prohřešky namítat jen obtížně a s menší účinností.